I det XIII århundrede genåbnes "vandets måde", dvs. navigationen på Garonne. Så et meget lille antal indbyggere vil prøve at bosætte sig der først som fiskere, derefter som sejlere. Det er sidstnævnte, der omkring 1280 lagde de første fundament for Magisterium.
Den populære tradition er, at navnet på Magisterium er navnet på kvinden, der drev en kro på bredden af floden med sin mand. Denne var helt sikkert herre over båden, piloten ved navn Magister, hans kone var derfor Magistero. Lidt efter lidt bliver kroen navnet på disse få grupperede boliger; et almindeligt navn erstattes af det bestemte navn for at blive et stednavn. Og Clermont vil fremover udpege under navnet Magisterium (med to ord) den lille gruppering af flodens bredder, der afhænger af ham.